首先，《名錄》第五條規定“同一排污單位在同一場所從事本名錄中兩個以上行業生產經營的，申請一張排污許可證”，如果存在兩個或者兩個以上的行業，其中某一個行業是重點管理，那么該排污單位排污許可證的管理類別為重點管理，各行業部分自行監測等管理要求按照各自行業的技術規范進行申報即可。
對于既要發證又要登記的排污單位，只需申請一張許可證，并在申請表中填寫補充登記表。對于《名錄（2019版）》發布前已核發的許可證，有效期內無需填寫補充登記表，變更或延續時填寫即可。
《關于印發<固定污染源排污登記工作指南（試行）>的通知》已經明確了排污單位登記內容，對登記管理排污單位不做臺帳管理、自行監測和執行報告等要求。排污單位登記管理不是行政許可，《名錄（2019年版）》對登記管理的范圍做出了規定。
針對存在問題的排污單位，按照《通知》規定的分類處置情形分別處理，依據排污單位提供的整改方案和整改承諾，下達限期整改通知書（限期整改通知書格式要求另行規定）。排污單位的整改方案是下達限期整改通知書的前提條件。
第一種情形是：點擊管理端“清理整頓”按鈕，提示系統正在建設中，則需要管理員給需要權限的賬號增加“清理整頓”角色。第二種情形是，已分配角色，但無法進入系統，則需要檢查當地網絡設置，能否連通以下IP地址：10.100.232.3:8080。
原證書有效，排污單位可以申請變更，但無需強制要求排污單位進行變更。
此類行業排污單位管理類別劃分只看其是否在重點排污單位目錄中，不考慮其是否滿足重點排污單位篩選條件。
對于未納入《名錄》的其他行業，地方法規有規定的，依法辦理省版排污許可證。
《名錄》第七條六種情形只適用于第108類排污單位，對于1-107類行業的排污單位不需要考慮以上六種情形。
排污單位應當承擔環境保護主體責任，主動對照《名錄》判別自身屬于哪一種管理類別，是否符合《名錄》第七條六類情形；生態環境主管部門可以通過對排污單位排查、日常環境監管、環境稅征收等監管過程，提醒排污單位依法申領重點管理排污許可證，具體按照《排污許可證申請與核發技術規范 總則》申請填報。