| 監測類別 | 監測對象 |
| 生物生態指標 | 浮游生物
| 浮游植物的種類組成、數量分布、優勢種及多樣性指數；浮游動物的生物量、種類組成、數量分布、優勢種及多樣性指數。
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| 大型底棲生物 | 大型底棲生物種類組成、棲息密度、生物量、優勢種及多樣性指數。 |
| 潮間帶生物 | 潮間帶底棲生物的種類組成、棲息密度、生物量、優勢種、各潮區分布及多樣性指數。 |
| 微生物 | 細菌總數、異養細菌總數、總大腸菌群數量、糞大腸菌群數量、弧菌數量。 |
| 魚卵仔稚魚 | 魚卵仔稚魚的種類組成、數量分布。 |
| 游泳動物 | 游泳動物的種類組成、資源密度；魚類、蝦類、蟹類、頭足類等各門類的種類組成和資源密度；游泳動物相對重要性指數、優勢種及多樣性指數；主要經濟種類生物學特性、幼體比例。 |
| 海洋生物質量 | 海洋生物體內總汞、銅、鉛、鎘、鋅、鉻、砷、硒、石油烴、六六六、滴滴涕、多氯聯苯、狄氏劑等。 |
| 初級生產力 | 葉綠素a及初級生產力。 |
| 非生物生態指標 | 海水水質 | 汞、鎘、鉛、砷、鋅、硒、銅、鎳、總鉻、溶解氧、懸浮物、pH、活性磷酸鹽、活性硅酸鹽、硝酸鹽氮、亞硝酸鹽氮、氨氮、總磷、總氮、無機磷、生化需氧量、化學需氧量、氰化物、硫化物、氯化物、揮發性酚、陰離子洗滌劑、油類、多氯聯苯、六六六、滴滴涕、狄氏劑等
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| 海洋沉積物質量 | 總汞、鎘、鉛、鋅、銅、鉻、砷、有機碳、硫化物、油類、含水率、氧化還原電位、總磷、總氮、六六六、滴滴涕、狄氏劑、多氯聯苯等 |
| 海洋氣象觀測 | 風速、風向、氣溫、氣壓、濕度、海況、天氣現象 |
| 海洋水文觀測 | 水深測量、水溫觀測、鹽度測量、海流觀測、海浪觀測、水位觀測、海水透明度觀測、水色觀測。 |